Det har vore mykje snakk om kor mykje
tarmfloraen har å seia for helsa vår, og det er stort sett bakteriane
som har fått merksemd. Men vi spradar rundt fulle av andre
mikroorganismar òg: virus, arkebakteriar og sopp.
– I forskingsprosjektet CRCbiome ynskjer vi å finna ut om desse organismane kan gje oss forvarsel om tarmkreft, seier Ekaterina Avershina, forskar ved Farmasøytisk institutt og Universitetssjukehuset i Oslo.
– Dagens screeningmetodar er gode til å oppdaga tarmkreften når den har oppstått, men då kan det ofte vera for seint. Vårt mål er å finna ut om ein brå auke eller nedgang i bestemte artar mikroorganismar kan vera eit varsel om at kreft er i ferd med å oppstå. Fråvær eller nærvær av artar kan vera indikatorar på det same.
– Det fyrste hinderet vi må over er å finna ut kva artar vi har i ein bestemt prøve. Alt der snublar vi, seier Avershina.(Foto: Privat)
Finst svært få verktøy
Det er langt færre sopp enn bakteriar i
tarmane våre. Men dei er meir komplekse og har kraftig påverknad på
mikrobiomet i tarmen og kan òg ha påverknad på oss sjølve.
– Utfordringa er at vi veit mykje mindre
om soppane. Nokre artar er gunstige for oss, andre er skadelege. Men det fyrste
hinderet vi må over, er å finna ut kva artar vi har i ein bestemt prøve. Og alt
der snublar vi, seier Avershina.
Forskarane undersøker kva artar ei prøve
inneheld ved å sekvensera metagenomet i prøven. Det vil seia at dei hentar ut gena til alle artane i prøven. Så brukar dei ulike verktøy og algoritmar for
å identifisera soppartane.
– Det finst svært få verktøy for å
identifisera genom frå sopp i tarmsystemet. Vi har klart å finna sju. Dei har
vi undersøkt for å finna ut kor pålitelege dei er, seier Avershina.
Ynskjer at algoritmen identifiserer arten
–
Vi kjenner heller ikkje genomet til særleg mange av desse soppane. Vi leita i referansedatabasar etter genoma frå rundt 1600
artar, men det var berre 170 vi fann sekvenserte genom frå.
I PCen sette Avershina og kollegaane saman
«samfunn» av dei kjende genoma dei trass alt hadde og slapp algoritmane laus
på dei for å sjå om dei kunne identifisera soppane. Resultata var ikkje
oppløftande.
– Ideelt ynskjer vi at algoritmen
identifiserer arten. Eller om ikkje han kan identifisera arten, så kanskje
familien: «Dette er ikkje ein art som vi kjenner frå før, men den er i slekt
med denne som er kjend», forklarar Avershina.
Treng å sekvensera fleire artar
– Men av dei 170 artane vi hadde i
samfunnet vårt, var det berre ein einaste art som alle sju algoritmane
identifiserte riktig.
Nokre artar vart feilidentifiserte. Nokre
artar vart oversette. Nokre artar vart identifiserte sjølv om dei ikkje fanst i
samfunnet.
– Så langt er ikkje desse verktøya gode
nok til jakt på sopp som moglege biomarkørar for tarmkreft. Men hugs på at vi
er veldig tidleg i forskinga på soppane i tarmen. Kunnskapen om tarmbakteriar
auka jo valdsamt på relativt kort tid, seier Avershina.
– Det som trengst no, er å sekvensera
mange fleire av desse artane. Det er det forskarar som arbeider med no, mellom
anna i Kina. Fyrst når vi er i stand til å identifisera dei fleste artane, kan
vi for alvor studera kva verknad dei har.
