Noen genvarianter gjør laksen mer utsatt for sykdom mens andre beskytter mot sykdom. Nye data om gener er et viktig grunnlag for utvikling av skreddersydd medisinsk behandling og bedre avlsvilkår for laksen.
Figuren viser to DNA-tråder med én enkelt baseparvariasjon (en C → T variasjon)
Samlingen av alle genene som aktivt blir uttrykt i en gitt celle til en gitt tid, kalles transkriptom.
Jo mer kunnskap som foreligger om transkriptomet, jo mer er det mulig å forstå av sykdomsresistens, vekst og næringsinnhold hos blant annet laksen.
Denne kunnskapen kan i fremtiden benyttes til å avle fram en laks som er friskere og gir et mer optimalt næringsinnhold enn nåtidens laks. Dette er av stor økonomisk interesse for oppdrettsindustrien.
20 000 gensekvenser identifisert
Heidi Hagen-Larsen ved Norges veterinærhøgskole har benyttet avanserte genteknologiske og molekylærbiologiske metoder for å identifisere gener og variasjoner hos disse både hos frisk og syk laks.
I samarbeid med kollegaer har hun identifisert og sekvensert gener fra femten forskjellige vev hos laks. Resultatet er over 20 000 unike sekvenser som er offentlig tilgjengelig både i det norske lakseprosjektets database og i GenBank
Heidi Hagen-Larsen oppdaget over fem hundre mulige DNA-variasjoner i gen-sekvensene. DNA-variasjonene ble kartlagt og bidro til et betydelig genetisk kart som vil være nyttig for videre forskning.
Siden DNA-variasjoner kan føre til endringer i aminosyresammensetningen og dermed av proteinene som blir dannet, kan disse variasjonene ha betydelig effekt på for eksempel sykdomsresistens og vekst.
Når DNA-variasjonene er tilstrekkelig godt kartlagt, kan disse blant annet benyttes i avlen av en bedre og sunnere oppdrettslaks.
Sykdom påvirker gener
Heidi Hagen-Larsen
Mange gener er involvert i eller blir påvirket av en sykdomsprosess.
– Ved identifisering av slike gener får man et bedre inntrykk av hvilke prosesser som settes i gang og dermed bedre forståelse av hvilke gener som kan ha innvirkning på laksens sykdomsmottagelighet og overlevelsesevne, sier Hagen-Larsen
Hun har arbeidet med identifisering av gener som kan være involvert i den tidlige immunresponsen mot virussjukdommen infeksiøs lakseanemi (ILA).
Hun gjennomførte et smitteforsøk med ILA-virus hvor hun i etterkant isolerte RNA tilsvarende hele transkriptomet fra både syk og frisk fisk og studerte forskjeller i genutrrykket.
– Dette arbeidet resulterte i identifisering av flere hundre gener som viste endring i genutrykket som følge av smitte med ILA-virus, sier Hagen-Larsen.
Referanse:
Heidi Hagen-Larsen (2010): A survey of genes identified by Expressed Sequence Tags (ESTs) - Annotation, Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Detection and Mapping in Atlantic salmon (Salmo salar). Doktorgradsavhandling, Norges veterinærhøgskole.
