I arvestoffet hos mikrober fins DNA-mønstre som kalles genomsignaturer. Norsk doktorgrad undersøker metoder for å påvise mønstrene og kartlegge sykdomsfremkallende egenskaper.
Norgesveterinærhøgskole
Geir B.Lindhjempresse- og mediesjef
Denne artikkelen er over ti år gammel og kan inneholde utdatert informasjon.
Omfatter særlig bakterier, men også virus og encellede organismer. Mikroorganismer er vesentlige for stoffomsetningen på jorden. Bakterier og sopp bryter ned døde organismer og gjør stoffene tilgjengelige for nytt liv.
Mikroskopiske organismer (som plankton) er vesentlige for næringskjedene i havet. Noen mikroorganismer har skadelig virkning på andre organismer. Noen utnyttes bioteknologisk (meieriprodukter, farmasøytisk og annen industri).
Den eksplosive utviklingen av teknologi for å sekvensere (lese) DNA-molekylet har ført til at det finnes enorme mengder genetiske data tilgjengelig for analyse.
Dette er i ferd med å forårsake en omveltning innenfor biologisk forskning og fører samtidig til et stort behov for raske og effektive metoder til å tolke de stadig større datamengdene.
For å løse utfordringene som den store datamengden representerer, tar bioinformatisk forskning i bruk etablerte teknikker fra statistikk, matematikk, og informatikk.
I doktorgradsprosjektet sitt har Jon Bohlin hatt fokus på metoder som kan brukes til å undersøke genomsignaturer i mikrober.
Siden fremmed DNA i en bakteries genom ofte gir bakterien sykdomsfremkallende egenskaper, har deler av arbeidet hatt som formål å utvikle raske og effektive metoder til å påvise slikt DNA.
Mer pålitelig informasjon
De fleste metodene som er brukt i dette prosjektet, er etablerte innenfor teoretisk bioinformatikk.
- Men fordi man tidligere har manglet data, har det ikke vært mulig å utforske metodene skikkelig, sier Bolin.
Det økende antall sekvenserte genomer som er blitt tilgjengelig de siste årene, har gjort det mulig å teste de teoretiske metodenes fordeler, ulemper, muligheter og begrensinger.
Dette har gitt ny og mer pålitelig informasjon om hvordan miljø og levemåte påvirker de ulike mikrobenes DNA-sammensetning.
Metodene kan også benyttes til å utdype forståelsen av den evolusjonære utviklingen som følger av naturlige utvalg på DNA-nivå.
Omgivelsenes påvirkning
- Slik kunnskap er helt nødvendig for å forstå mekanismene som fører til at bakterier blir patogene og motstandsdyktige mot antibiotika, sier Bohlin.
Doktorgradsavhandlingen omfatter analyse av genomsignaturer hos mikrober, og beskriver hvordan signaturer varierer hos nær beslekta mikrober og mellom ulike mikrobegenom.
- Et av de sentrale spørsmålene er hvordan omgivelsene påvirker genomsignaturene og om denne påvirkningen kan sees i sammenheng med mikrobens ulike egenskaper, slik som størrelse, DNA-sammensetning, livsmiljø og levemåte, sier Bohlin.
Kilde:
Cand.scient Jon Bohlin forsvarte avhandlingen Genomic signaturer in prokaryotic genomes for graden PhD 5. juni 2009.
