For de fleste sykdommer er det et komplekst samspill mellom mange gener og mange miljøfaktorer som hver gir et lite bidrag til sykdomsutviklingen. 

Utviklingen av den nye søketjenesten har sin opprinnelse i forskeres behov for å samle informasjon fra ulike kilder for å få bedre forståelse av hvilke gener som er involvert i ulike typer kreft og hvilken behandling som kan virke.

– Nettjenesten er det mest omfattende analyse- og søkeverktøyet som finnes innen det medisinske fagfeltet, sier forskningsgründer Eirik Næss-Ulseth i PubGene AS.

Han lanserte tjenesten som kalles Coremine Medical på en internasjonal konferanse i Oslo denne uken.

Søker i all medisinlitteratur

Kjernen i søkeløsningen er at den har omfattende lister med medisinske termer og synonymer for disse. Listene benyttes sammen med avanserte algoritmer for å finne medisinske koblinger i databaser av høy kvalitet.

Slik kan en bruker få fram koblinger mellom sykdommer og en rekke andre parametre som gener, legemidler, mat og medisinske eksperter.

Nettjenesten søker gjennom tilgjengelig litteratur i databasen MEDLINE og andre databaser som DrugBank og patentdatabaser. MEDLINE inneholder det meste av det som finnes av publiserte, vitenskapelige artikler innen medisinsk forskning.  

I tillegg søker tjenesten gjennom en rekke sosiale nettsteder som Wikipedia og YouTube.

Søkeresultatet er et grafisk utformet nett med koblinger (se bilde). Lenker tar brukeren videre inn i de enkelte elementene.

Målet med Coremine Medical er å gi brukerne en mest mulig komplett oversikt over tilgjengelig informasjon slik at de slipper å søke etter informasjon på flere steder. I tillegg kan brukeren gjøre egne oppdateringer og dele informasjon med andre.

Forskningsverktøy

Forskerne kan bruke informasjonen til for eksempel å finne koblinger mellom gener og sykdom. De som jobber med å utvikle nye medisiner, kan få en idé om hva slags strategi de skal bruke.

– I Coremine Medical kan forskere laste opp data fra genetiske analyser av forsøkspersoner og se hva de får av treff i publiserte data, sier doktorgradsstipendiat Trevor Clancy ved Institutt for kreftforskning ved Oslo universitetssykehus.  

Han har ledet prosjektet som har gått ut på å utvikle en bioinformatikkplattform for forskere i samarbeid med PubGene AS.

Også for leger og pasienter

I tillegg til at Coremine Medical er et nyttig verktøy for forskere, tror de at leger og pasienter kan ha nytte av å bruke tjenesten.

– Tjenesten er spesielt nyttig for personer med kroniske sykdommer som har en diagnose og som ønsker å følge med på hva som skjer på forskningsfeltet, sier Eirik Næss-Ulseth som har investert i flere norske bioteknologifirmaer.

Pasienter kan legge inn søk som gjør at de blir varslet når det kommer noe nytt om deres sykdom. De får også lenker til relevant informasjon på andre nettsteder og i sosiale medier.

– Leger kan bruke Coremine Medical til å holde seg faglig oppdatert. De kan også bruke plattformen i undervisning av legestudenter. De kan laste opp læremateriell, og plattformen har full forumfunksjonalitet.

Sikter mot genomer 

Tjenesten er gratis for brukerne og skal etter hvert reklamefinansieres slik at det kommer opp annonser for produkter og tjenester som er relevante for det brukeren søker på.

Søket i Coremine Medical er basert på koblinger til data fra analyser av bestemte genetiske variasjoner.

PubGene er allerede i gang med nye prosjekter som skal gi løsninger som er tilpasset at dataene kommer fra analyser av større deler av arvestoffet.

Lenker:

Forskningsrådets program Funksjonell genomforskning (FUGE)

Coremine Medical