Ottersen er i dag forskingsdekan ved Det medisinske fakultetet. Han leia også utvalet som såg på UiO som forskingsinstitusjon under arbeidet med sjølvevalueringa for universitetet.

Ottersen er professor ved Instiuttgruppe for medisinske basalfag og har publisert over 270 artiklar i internasjonale tidsskrifter og bøker og han har vore redaktør for fire internasjonale bokutgjevingar.

Arbeida hans er ofte sitert og i fylgje Institute of Scientific Information (ISI) er Ottersen nummer to på lista over dei mest siterte forskarane i Noreg. Han er nyleg valt som europeisk redaktør for Neuroscience, tidsskriftet for the International Brain Research Organization.