Forskere ved Oslo universitetssykehus (OUS) har utviklet dataverktøy som åpner helt nye muligheter i cellebiologiforskning. (Foto: Alexander Raths, Shutterstock, NTB scanpix)
Forskere ved Oslo universitetssykehus (OUS) har utviklet dataverktøy som åpner helt nye muligheter i cellebiologiforskning. (Foto: Alexander Raths, Shutterstock, NTB scanpix)

Store datamengder utfordrer cellebiologene

Når laboratorieforskerne måtte spørre informatikerne om hjelp til å forstå resultatene sine, var det på tide å finne på noe smart. Excel for eksempel. 

Publisert

Forskere ved Oslo universitetssykehus (OUS) har utviklet dataverktøy som åpner helt nye muligheter i cellebiologiforskningen. 

I en artikkel publisert i det vitenskapelige tidsskriftet Nature Methods viser forskerne hvordan de enkelt kan bruke Excel til å samle resultater fra mange ulike studier og få et klarere bilde av hvordan celler er skrudd sammen. 

Mister oversikten

Det som før var utilgjengelig, blir plutselig enkelt, ifølge forskerne. Nå kan de bare kopiere store datasett og lime dem inn ved siden av hverandre for å sammenlikne dem og trekke sikrere konklusjoner. 

Prosjektleder og forsker Fridtjof Lund-Johansen ved OUS forklarer at moderne cellebiologisk forskning gir så store datamengder at mange mister oversikten.

– Det siste tiåret har vi fått instrumenter som gjør det mulig å studere tusenvis av molekyler i ett og samme eksperiment. Nå er vi kommet til et punkt hvor laboratorieforskere må spørre informatikere om hjelp til å forstå resultatene sine. Da er det fare for at viktig informasjon blir «lost in translation», sier han.

Lund-Johansen forklarer at problemet ble åpenbart da forskningsgruppen gikk igjennom 90 artikler publisert i vitenskapelige tidsskrift i perioden 2012 til 2014.

Til tross for at alle studiene var innenfor samme område, var det ingen som hadde sammenliknet resultatene med de som andre hadde publisert før. Men da forskerne satte datasettene ved siden av hverandre, fikk de et helt annet og klarere bilde, og det ble klart at mange hadde trukket feil konklusjon.

– Poenget med publisering er å sammenlikne

– Hele poenget med å publisere forskningsresultater forsvinner om vi ikke kan sammenlikne dem. Vi har investert hundretalls millioner i nettskyer for å lagre data, men det hjelper lite om ingen laster dem ned og bruker dem, sier Lund-Johansen.

Selv er han lege og karakteriserer sin egen datakyndighet som hakket over gjennonsnittet.

– Jeg satt i årevis og laget kompliserte regneark i Excel, men de var først og fremst for husbruk, forteller Lund-Johansen.

Nytt syn på cellebiologi

Forskningsgruppen er del av KG Jebsen senter for Immunterapi av kreft. Det neste prosjektet de skal i gang med, er å gjøre selve målingene enklere og mer tilgjengelige.

– Når alle kan måle tusener av molekyler hver dag, vil vi få et helt nytt perspektiv i cellebiologi og langt flere kan bidra til å forstå hva som går galt under sykdom, sier han.

Referanse: 

Fridtjof Lund-Johansen, mfl. MetaMass, a tool for meta-analysis of subcellular proteomics data i Nature Methods nr. 13, august 2016. doi:10.1038/nmeth.3967. Sammendrag.