Forskere har kartlagt bakteriegenene i muselort som kan brukes til å finne ut mer om hvordan sykdommer oppstår. (Foto: Steen Agger, Scanpix Denmark)
Muselort kan løse sykdomsgåter
Forskere har kartlagt bakteriegenene i muselort. Funnene kan brukes til å finne ut mer om hvordan sykdommer oppstår − som diabetes, tykktarmskreft og leddgikt.
– Vi har samlet muselort fra 184 mus fra sju laboratorier i fem forskjellige land, sier Lise Madsen, forskningssjef ved NIFES.
Hun er en av forfatterne bak en fersk artikkel i tidsskriftet Nature Biotechnology, der funnene fra muselorten blir presentert.
2,6 millioner gener
I tillegg til Madsen og NIFES har BGI Shenzhen, som er et stort genomforskningssenter i Kina, og Universitetet i København vært hovedaktørene i prosjektet. Arbeidet har tatt fem-seks år.
Lise Madsen er en av forfatterne bak en fersk artikkel der funnene fra muselorten blir presentert. (Foto: NIFES)
I løpet av den tiden har forskerne sekvensert DNA-et til bakteriene som var i muselorten. Et gen består av mange basepar i forskjellig rekkefølge, og forskerne har kartlagt milliarder av ulike slike rekkefølger.
– Vi identifiserte cirka 2,6 millioner gener. Til sammenligning kan det sies at musen selv, som mennesket, kun har om lag 23 000 gener, sier Madsen.
Kartleggingen av de 2,6 millioner genene i muselorten skapte så mye data at det bare var supercomputere som kunne håndtere det, og dataene kunne ikke sendes over internett. I 2010 og 2011 måtte sekvenseringsdataene sendes fysisk med en harddisk fra BGI Shenzhen i Kina til Europa for videre analyser. I dag kan forskerne imidlertid utveksle dataene via hurtige fibernet og nettskyer.
Den viktige tarmen
Målet med å kartlegge genene i muselorten er å finne mer ut av hva som skjer i musetarmen, for å undersøke om den er en god modell for mennesketarmen.
– Når vi sammenligner tarmfloraen i mennesker og i mus, er det kun 100 000 gener som er felles. Men når vi ser på det genene i tarmfloraen holder på med, er det 95 prosent overlapp. Så bakterier fra musetarmen og mennesketarmen har forskjellige gener, men de gjør det samme, sier Madsen.
Nyere forskning tyder på at tarmen og tarmfloraen ikke bare spiller en viktig rolle for fordøyelsen, men også for mange forskjellige typer sykdommer, som type 2-diabetes og enkelte kreftformer.
Når forskerne nå har kartlagt bakteriene i musetarmen, kan de lettere studere hvordan tarmfloraen påvirker sykdomsutvikling. Madsen håper at de med tiden kan få en helt presis viten om hvilke bakterier som kan medvirke til at sykdommer oppstår, og ikke minst, hvilke bakterier som kan forhindre at sykdommer oppstår.
– I dag kan vi se at et menneske med forskjellige sykdommer, som for eksempel type 2-diabetes, tykktarmskreft eller leddgikt har en annen sammensetning av bakterier i tarmfloraen enn de som ikke har disse sykdommene, men vi vet ikke hvorfor det er sånn. Med den nye kunnskapen blir det lettere å forske på hvordan tarmfloraen påvirker sykdomsutvikling, sier forskningssjefen.
Videre i tarmen
All informasjon om genene er samlet i databaser, og Madsen tror de kan bli et nyttig verktøy for andre forskere som jobber med lignende problemstillinger. Databasene er gjort fritt tilgjengelig på tre forskjellige servere.
Nå ønsker hun å utvide genkatalogen.
– Vi har kun kartlagt bakteriene som er i muselorten, og den er nok representativ for det som finnes i tykktarmen, men vi vil gå videre og se hva som finnes i forskjellige seksjoner av tynntarmen, sier forskningssjefen.
