Her samler Kari Oline Bøifot DNA-prøver fra T-banen i Oslo tidligere i år. Prøvene er en del av et stort internasjonalt prosjekt for å finne ut hvilke mikroorganismer som finnes på T-baner og undergrunnsstasjoner verden over. (Foto: Espen Hofoss)
Derfor går forskere rundt med q-tips på T-banen
I dag, 21. juni, kan du se en hær av forskere på T-banen i Oslo. De jakter på DNA fra mikroorganismer.
Et internasjonalt forskningsprosjekt som samler inn informasjon om hva slags arvestoff (DNA) som finnes på steder der mange folk ferdes, i første omgang i bymiljøer og primært undergrunnsbaner/T-banestasjoner.
21. juni hvert år frem til 2020 tas det nye prøver i mer enn 60 byer og på alle kontinenter, for å kartlegge hvilke mikroorganismer og DNA som finnes på overflater og i luften.
Avdeling Beskyttelse og samfunnssikkerhet ved FFI står for den norske delen av prosjektet.
DNA er kombinasjoner, eller såkalte sekvenser, av byggesteinene A, C, T og G.
Store internasjonale databaser inneholder DNA-sekvenser fra alle arter som har fått arvestoffet sitt analysert.
To av de største databasene er NCBI-Genbank (National Center for Biotechnology Information) i USA og EMBL-ENA (European Nucleotide Archive).
Det er tidlig morgen på Vestli T-banestasjon. Folk haster ut og inn av hvite T-banevogner.
Foran en av benkene på perrongen sitter forsker Kari Oline Bøifot ved Forsvarets forskningsinstitutt (FFI) på huk. Hun drar en q-tips-lignende sak sakte frem og tilbake over benken, før hun putter den i en pose, merker prøven, forsegler den og legger den i en boks. Ved siden av henne står et susende apparat på et stativ.
Lager DNA-kart
Bøifot er en del av et stort internasjonalt forskningsprosjekt, MetaSUB. I mer enn 60 byer skal forskere kartlegge hva slags mikroorganismer som finnes på overflater og i luften på offentlige steder der mange folk ferdes.
Forskerne tar biologiske prøver av lufta med denne luftprøvetakeren. Ved å suge 300 liter luft per minutt gjennom et filter kan forskerne samle inn bakterier, sopp og virus som svever rundt i lufta. (Foto: Espen Hofoss)
Prøvene skal i hovedsak tas på undergrunnsbaner og T-banestasjoner. Et kollektivsystem er nemlig ikke bare et nettverk av stasjoner og holdeplasser. Det er også et nettverk av bakterier, virus og sopp – og deres arvestoff, DNA.
Det er tidligere blitt forsket svært lite på dette temaet, så det er fremdeles store hull i kunnskapen om de mikroskopiske organismene folk pendler til jobb sammen med.
– Vi tar prøver av benker, gelendre og billettautomater. Analysene vil vise hva slags bakterier og sopp som er på de ulike overflatene. Vi benytter såkalte haglesekvenseringsmetoder som analyserer og kartlegger alt DNA som finnes i disse prøvene, enten det kommer fra mennesker, dyr, planter eller mikroorganismer, forklarer Bøifot.
I tillegg tar forskerne prøver av lufta med luftprøvetaker. Til slutt vil de få et slags DNA-kart over stedene vi ferdes i hver dag. Og forskerne kan sammenligne hva slags arvestoff som finnes på forskjellige steder og hvordan det endrer seg over tid.
Den internasjonale prøvetakningsdagen i prosjektet MetaSUB er 21. juni hvert år i perioden 2016–2020. De norske forskerne tar også prøver høst, vinter og vår for å se om sammensetningen av mikroorganismer varierer med årstidene.
T-bane-prøvene til Bøifot blir en del av doktorgraden hennes ved Forsvarets forskningsinstitutt.
Men har Forsvaret noen nytte av et slikt prosjekt? Ja, mener Marius Dybwad, seniorforsker og tidligere forskningsleder for FFIs forskningsprogram CBRNE: Biologiske trusler.
– Vi lever i terrorens dager. FFI har tidligere forsket mye på forsvar mot biologisk krigføring, men biologisk terrorisme er nå blitt vel så relevant – det vil si at noen med vilje bruker sykdomsfremkallende mikroorganismer, for eksempel bakterier eller virus, til å skape sykdom og død. Her har både Forvaret og sivilsamfunnet behov for mer forskning og kunnskap.
Dybwad har tidligere skrevet doktorgrad om hvilke bakterier som finnes i luften på en T-banestasjon.
– Et av målene våre er å finne måter for raskt å oppdage tilstedeværelsen av miltbrannbakterier eller andre sykdomsfremkallende mikroorganismer på steder der mange folk ferdes. For å lage et slikt system må vi først ha kunnskap om hva som finnes naturlig rundt oss. Her kommer MetaSUB inn i bildet, sier Dybwad.
Et av formålene med dette prosjektet er å utvikle gode og mer standardiserte teknikker for å ta prøver av overflater, vann og luft og finne ut hvilke mikroorganismer som finnes der.
Annonse
I det lange løp vil dette gjøre oss bedre i stand til både å oppdage og forebygge biologisk terrorisme.
De første resultatene fra det internasjonale forskningsprosjektet vil etter planen bli publisert i løpet av året, men noen tilfeldig utvalgte prøver fra en pilotstudie er allerede analysert. Dette gir en smakebit av hva forskerne kan finne.
Pilotstudien viste at det var stor forskjell på sammensetningen av mikroorganismer i Oslo, Hongkong og New York. Og at over halvparten av DNA-materialet forskerne samlet inn var fullstendig ukjent. Det vil si at arvestoffet kommer fra organismer som ikke finnes i noen av de store DNA-databasene som inneholder informasjon om alt kjent DNA.
Og så en liten «fun fact» på tampen: Da laboratoriet analyserte en prøve tatt på en benk i Oslo i 2016, fant de det som ble omtalt som «The Norwegian ass microbiome». Prøven var nemlig full av tarmbakterier. Det var i dette tilfellet klart mer tarmbakterier på benkene enn på gelendre og billettautomater.
– Det betyr nok ikke akkurat at folk går på do på benkene. Det er nok heller at de slipper en liten fis eller to. Det er jo ikke slik at olabukser og undertøy er bakterietette. Den mikrobiologiske skyen passerer nok heller relativt uhindret rett gjennom, fastslår Dybwad.
