Denne artikkelen er produsert og finansiert av Nofima - les mer.

En prøve blir sekvensert ved å registrere endringer i elektrisk strøm når DNA passerer gjennom såkalte nanoporer, altså porer i nanometerstørrelse. Forskere kan gjenkjenne DNA-koden til listeria-bakterier.

Listeria-bakterie kan nå bli oppdaget mye raskere

Forskere har funnet en metode som kan påvise den skumle bakterien betydelig raskere enn før.

Listeria er en stor utfordring for matprodusenter. Bakterien kan overleve og vokse i langtidsholdbare matvarer. Særlig for personer med nedsatt immunforsvar kan Listeria være årsak til alvorlig sykdom og i verste fall død.

Næringsmiddelindustrien følger derfor strenge regler og rutiner for hygiene for å forebygge vekst av Listeria.

Det må svært mange bakterier til for å gjøre friske folk syke, men den kan altså gi en sjelden men alvorlig infeksjon hos mennesker. Her i Norge er det 15-50 tilfeller i året, ifølge FHI.

Forskerne har nå funnet et metode som kan påvise Listeria etter bare fire timer. Det er 20 timer raskere enn med den tradisjonelle metoden.

Kjenner igjen arvestoffet hos bakterien

Forskerne brukte et lite håndholdt instrument for sekvensering for å finne denne bestemte bakterien. Sekvens betyr rekkefølge.

Såkalt DNA-sekvensering er en metode som gir forskere tilgang til den genetiske koden til en organisme. Dette viser rekkefølgen på bokstavene, de såkalte baseparene, i arvestoffet DNA.

– Vi har undersøkt og sammenlignet forskjellige sekvenseringsteknologier for å få raskere svar på om det finnes Listeria i en prøve eller ikke. Vi var også interessert i om metodene klarer å skille mellom ulike Listeria-typer, sier forsker Eva Wagner.

Instrumentet de brukte var MinION fra Oxford Nanopore Technologies. Dette apparatet har porer i nanometerstørrelse, som er en milliarddels meter.

Når et molekyl passerer gjennom en nanopore, så blir den forstyrret av en elektrisk strøm som rister i molekylet. En sensor kan måle disse signalene og lese av DNA-sekvens i sanntid.

Lettere å finne mange typer bakterier

I tillegg til Listeria kunne andre mikroorganismer bli påvist samtidig ved hjelp av instrumentet.

– For produsenter som lager mat, vil dette kunne gi økonomiske besparelser og bedre oversikt over det mikrobielle bildet i et prosessanlegg, sier Wagner.

Sekvensene kan brukes for å sammenligne bakterier eller finne ut mer om deres genetiske egenskaper. I matindustrien brukes denne nøyaktige teknologien ofte til å spore forurensninger eller til å undersøke sykdomstilfeller.

– Ideelt sett er det best å få svar før starten av neste arbeidsdag for å iverksette tiltak mot Listeria. Det er spesielt viktig at utstyr og flater der bakterien ble påvist, er grundig rengjort før produksjonen fortsetter, sier hun.

Fakta om Listeria

  • Listeria monocytogenes kan forårsake sykdommen listeriose både hos dyr og mennesker.
  • Listeria er en bakterie som finnes naturlig i vann, jord, i tarmen hos mange dyrearter og også i råvarer til mat. Bakterien klarer seg uten oksygen og kan vokse ved lave temperaturer, også i vakuumpakket mat i kjøleskap.

Kilder: Store norske leksikon og Mattilsynet

Eva Wagner med sekvenseringsinstrumentet MinION. Eva er forsker i prosjektet PathoSeq.

I dag tar det minimum 24 timer å finne svar

Ved tradisjonell påvisning av Listeria på laboratoriet er det nødvendig å oppformere bakterien i et medium av en prøve tatt fra miljø eller matprodukter. Det tar minimum 24 timer til flere dager før svaret er klart.

I mellomtiden vil produksjonen fortsette. Det betyr at matprodukter og ikke minst mennesker kan bli smittet med bakterien.

Matprodusentene får svar på om Listeria kunne påvises eller ikke, men det er ikke mulig å skille mellom tilsynelatende like bakteriestammer med den brukte metoden.

Ekstremt nyttig metode

– Resultatene vi har fått med denne hurtigmetoden bringer oss nærmere vårt forskningsmål og betyr enorme muligheter for norsk matindustri, sier Birgitte Moen, forsker ved Nofima.

At metoden gir raske svar, er selve nøkkelen. I dagens verden har matproduksjonen og omsetningen av mat blitt så rask at det ikke er forenelig med langvarige tradisjonelle påvisningsmetoder for mikroorganismer.

– Det neste trinnet er å samle ekte prøver fra industrien og teste metoden med dem, sier Moen.

Hun tror sekvenseringsteknologi vil kunne få stor betydning. Matindustrien kan forhindre smitte eller kalle tilbake produkter raskere. Det betyr mindre økonomisk tap og færre tilfeller av sykdommen Listeriose.

Nye metoder ved hjelp av sekvenseringsteknologier

Teknologien gjør det mulig å skille ulike Listeria-varianter fra hverandre. Noen bakterier er mer farlige enn andre. Det gjør det enklere å unngå å følge mange blindspor.

– Nye sekvenseringsteknologier brukes for å bestemme den genetiske koden og dermed identifisere mikroorganismer. Det vil gjøre dagens omfattende kontrolloperasjoner i industrien raskere, mer presise og mer kostnadseffektive, sier Annette Fagerlund, forsker i Nofima.

Fagerlund leder prosjektet PathoSeq, et treårig forskningsprosjekt der målet er å hjelpe norske matprodusenter å få raskere, mer bærekraftige, kostnadseffektive og målrettede kontrollrutiner.

Bakterien gir store utfordringer

Listeria monocytogenes er en av de største utfordringene norsk matindustri står overfor, og hvert år brukes store ressurser for å bekjempe bakterien. Kontrollen består hovedsakelig av å oppdage og overvåke bakterien i matprosessmiljøet, siden den har en tendens til å bosette seg nettopp der og danne et reservoar for smitte av matproduktene. Det er viktig å vite hvor bakterien er for å kunne spore den, bruke mottiltak og så unngå smitte av matprodukter som skal selges.

Listeria finnes i jord og vann, men ikke minst i mat som fisk, kjøtt, frukt og grønt. Risikoprodukter som kan bli smittet med Listeria er først og fremst langtidsholdbare, kjølelagrede produkter hvor bakterien finner vekstvilkår.

Ved å spise smittet mat, kan Listeriose forårsakes; en svært alvorlig sykdom med 20-30 prosent dødelighet. Spesielle risikogrupper er personer med nedsatt immunforsvar, eldre over 65 år og gravide.

Om forskningen

Eva Wagner er forfatter av en studie som nylig er publisert i det vitenskapelige tidsskriftet Applied and Environmental Microbiology.

Leder av studien er forsker Birgitte Moen i Nofima.

Studien ser på muligheten for å kombinere tradisjonelle deteksjonsmetoder med nye sekvenseringsteknologier.

Referanse:

Eva Wagner mfl.: Surveillance of Listeria monocytogenes: Early Detection, Population Dynamics, and Quasimetagenomic Sequencing during Selective Enrichment. Food Microbiology, 2021. Doi.org/10.1128/AEM.01774-21

Powered by Labrador CMS