Setter strekkode på 20 000 arter

Med strekkoder skal arten bestemmes. Forskere over hele verden samarbeider om å bygge opp et DNA-bibliotek.

Publisert
Anders Endrestøl tar prøver av alt i insektkassene sine – noe av det vet han ikke sikkert hva er før prøvene er analysert. (Foto: Georg Mathisen)
Anders Endrestøl tar prøver av alt i insektkassene sine – noe av det vet han ikke sikkert hva er før prøvene er analysert. (Foto: Georg Mathisen)

Lurer du på hva slags insekter som har slått seg til i kjøkkenskuffene eller hvilken sopp som har angrepet tomatene i drivhuset? Eller har du sneiet borti et dyr med bilen, men det gikk så raskt at du ikke så om det var katt, rev eller grevling?

Svaret finnes. Nå arbeider 16 norske institusjoner sammen for å bygge opp et åpent bibliotek av DNA-strekkoder. Her registreres korte deler av arvestoffet; deler som varierer så mye mellom artene at de kan brukes til å identifisere den.

Børstemarken Oxydromus vittatus er et eksempel på en art som ble gjenoppdaget med molekylære metoder. Lenge ble det antatt at den var samme art som en børstemark som ble beskrevet fra Middelhavet, og som så svært lik ut. (Foto: Arne Nygren)
Børstemarken Oxydromus vittatus er et eksempel på en art som ble gjenoppdaget med molekylære metoder. Lenge ble det antatt at den var samme art som en børstemark som ble beskrevet fra Middelhavet, og som så svært lik ut. (Foto: Arne Nygren)

– Målet vårt er å få på plass 20 000 arter i det biblioteket innen 2018, forteller Torbjørn Ekrem. Han er førsteamanuensis på NTNU Vitenskapsmuseet, og leder det norske strekkodeprosjektet NorBOL (Norwegian Barcode of Life).

Med det er prosjektet slett ikke i mål. Det anslås at det finnes 55 000 forskjellige arter i Norge.

Torbjørn Ekrem på NTNU Vitenskapsmuseet leder NorBOL-prosjektet. (Foto: Georg Mathisen)
Torbjørn Ekrem på NTNU Vitenskapsmuseet leder NorBOL-prosjektet. (Foto: Georg Mathisen)

– Vi fortsetter jo å legge til i biblioteket etter at denne finansieringsperioden tar slutt i 2018. Men å få absolutt alle artene i Norge inn i biblioteket, kan bli vanskelig. Mange er krevende å finne og vanskelige å identifisere, sier Ekrem.

På dugnad

Universitetsmuseene i Trondheim, Bergen, Tromsø og Oslo koordinerer arbeidet med hver sine artsgrupper. Men hvis alt skal komme på plass, trengs det både samlinger og dugnad.

Tidligere i vår var forskere fra hele Norge samlet til workshop i Trondheim, med et assortert utvalg av både arter og utstyr.

– Jeg har med endel ting som jeg ikke vet helt hva er, medgir Anders Endrestøl. Forskeren på NINA i Oslo har med seg en insektkasse med både kjent og ukjent innhold.

– Det er kanskje ikke alle som er inne i denne nye DNA-verdenen ennå, men den gir unike muligheter til å prøve å bestemme artene, og til å bli enda sikrere i artsbestemmelsen, sier han.

Endrestøl mener at klassifiseringen – taksonomien – er et spennende tema også internasjonalt. – Veldig mange av artene er vanskelige å bestemme morfologisk, men her får vi fasiten. Og jo mer data det blir, jo bedre blir fasiten, konstaterer Anders Endrestøl.

Tar vare på eksemplene

Tommy Prestø bidrar med det som finnes av vier-sorter i Norge til strekkodebiblioteket. (Foto: Georg Mathisen)
Tommy Prestø bidrar med det som finnes av vier-sorter i Norge til strekkodebiblioteket. (Foto: Georg Mathisen)

Tommy Prestø holder seg til tørkede planter. – De egner seg veldig godt til DNA-analyser, sier overingeniøren på NTNU Vitenskapsmuseet mens han sprer prøvene av forskjellige trær i vierfamilien rundt på bordet foran seg.

– Det er viktig at individet som prøvene blir tatt fra, blir oppbevart i de vitenskapelige samlingene etterpå, sier han.

– Det kan hende noen fra et annet sted i verden har en plante som er genetisk lik, men som de mener er en annen art. Det kan for eksempel være en feil eller en hybridisering. Da er det viktig at vi kan gå tilbake til hybrid-individet og kikke på det en gang til.

Arne Nygren på Sjöfartsmuseet Akvariet i Göteborg studerte børstemark på workshop i Trondheim. (Foto: Georg Mathisen)
Arne Nygren på Sjöfartsmuseet Akvariet i Göteborg studerte børstemark på workshop i Trondheim. (Foto: Georg Mathisen)

Akkurat vierfamilien er en gruppe som er notorisk i forhold til å danne hybrider også ute i naturen. Samtidig kan de forskjellige plantene bli påvirket av prydplanter.

Trippelvier – Salix xarctogena – er et norsk eksempel på en hybrid som har stabilisert seg som egen art. Den er en krysning der minst tre, kanskje fire forskjellige arter har vært involvert, forklarer Tommy Prestø.

Størrelsen teller

Torbjørn Ekrem konstaterer at størrelse er alfa og omega for NorBOL-biblioteket.

– Det er derfor vi legger vekten på å utvikle det gjennom workshops og gjennom undervisning på universitetene, sier han.

Arne Fjellberg fotograferer ved hjelp av sin egen kameraløsning. (Foto: Georg Mathisen)
Arne Fjellberg fotograferer ved hjelp av sin egen kameraløsning. (Foto: Georg Mathisen)

Dessuten er det viktig at biblioteket skal være åpent tilgjengelig for alle som ønsker å bruke det. Ekrem peker på for eksempel tollmyndigheter, forskningsprosjekter, Mattilsynet og alle som driver med bekjempelse av skadedyr i landbruket.

– Hvis man har et blodspor, en rest i et matprodukt eller rester på et fly eller i en miljøprøve, kan man analysere og få ut en sekvens. Det er klart at den som ønsker å bruke det, må analysere prøvene på egenhånd, men selve sammenligningen med databasen skal ikke koste noe, sier han.

Det faglige kan de, men det fototekniske kan det være greit å få hjelp til når man er på workshop. Jon Kristian Skei (til venstre) på NTNU og Katrine Kongshavn fra Universitetsmuseet i Bergen får kamerahjelp av vert Torbjørn Ekrem. (Foto: Georg Mathisen)
Det faglige kan de, men det fototekniske kan det være greit å få hjelp til når man er på workshop. Jon Kristian Skei (til venstre) på NTNU og Katrine Kongshavn fra Universitetsmuseet i Bergen får kamerahjelp av vert Torbjørn Ekrem. (Foto: Georg Mathisen)

Han tror strekkodebiblioteket kommer til å bli aller viktigst for naturforvaltningen og for å se på hvordan menneskene påvirker miljøet, naturmangfoldet og sammensetningen av arter. Men også for å bekjempe skadedyr er det viktig å vite hvilken art man skal bekjempe og hvordan sprøytemidlene virker både på de dyrene du ønsker å bli kvitt og på andre arter.

Etter en DNA-sjekk er det mer i insektkassene til Anders Endrestøl som kan artsbestemmes helt sikkert. (Foto: Georg Mathisen)
Etter en DNA-sjekk er det mer i insektkassene til Anders Endrestøl som kan artsbestemmes helt sikkert. (Foto: Georg Mathisen)

Akkurat nå pågår det over 100 ulike strekkodeprosjekter i Norge, og tallet øker hver uke.

300 000 arter

Det norske strekkodeprogrammet er en del av et internasjonalt samarbeid – IBOL. På verdensbasis ligger allerede 300 000 arter inne i databasen; drøye 4100 av dem er norske.

– Vi vet ikke nøyaktig hvor mange arter vi har i verden. Det er beskrevet 1,7 til 1,8 millioner, men vi regner med at det er 7-8 millioner totalt, sier Torbjørn Ekrem.

Lenker

Norwegian Barcode of Life (NorBOL)

International Barcode of Life (IBOL)

Torbjørn Ekrem, Inventories – What are they good for, leder i Chironomus Nr 25 (2012)