Saken er produsert og finansiert av Universitetet i Oslo - Les mer
Forskere over hele verden jobber på spreng for å finne måter å ta knekken på resistente bakterier. (Foto: Cornelius Poppe / NTB scanpix)

Resistente bakterier kan bekjempes med statistikk

En ny metode kan utvikle antibiotika som er skreddersydd til å ta knekken på multiresistente bakterier.

13.3 2017 11:22

Verdens helseorganisasjon har nylig satt opp multiresistente bakterier som en av de verste truslene mot menneskeheten. Her hjemme har Helsedirektoratet den siste tiden kjørt en reklamekampanje for å redusere bruken av antibiotika.

Forskere over hele verden jobber med å finne nye løsninger på hva vi skal gjøre når de medisinene vi kjenner i dag slutter å fungere.

Ved Institutt for medisinske basalfag ved Universitetet i Oslo har forskere nå funnet noe som kan gi en løsning på problemet: avansert statistikk.

Som et lotteri

Genene til flere kjente bakterier er nå så grundig dokumentert i store datasett at det er mulig å studere variasjoner i hele arvematerialet under ett. Dette gir helt nye muligheter til å studere hvordan bakteriene utvikler seg, men informasjonsmengden som må behandles, er enorm.

Jukka Coranders forskergruppe ved UiO har utviklet en statistisk metode som gjør det mulig å undersøke alle mulige mutasjoner som kan forekomme, under ett. Den nye metoden beregner styrken på forbindelser mellom alle ulike mutasjoner slik de forekommer naturlig.

Corander forklarer dette ved å sammenligne det med et lotteri.

– Du kan se for deg at hver mutasjon er resultatet av et lotteri, og at for å overleve må du vinne flere hundre tusen lotterier i en serie.

Det denne metoden gjør er å estimere alle mulige utfall av alle disse lotteriene og å vurdere hvilke utfall som er det vinnende, for så igjen å finne ut hvilke sammenhenger det er mellom vinnerloddene fra alle lotteriene.

– Mengden koblinger som må estimeres, er flere ganger større en hele jordens befolkning.

Da de testet metoden på verdens største samling av bakteriesekvenser, oppdaget de en hel rekke sammenhenger mellom forskjellige antibiotikaresistente bakterier og mellom ulike basisfunksjoner i bakterienes celler. Forskerne håper at dette vil gjøre det mulig å skreddersy presisjonsmedisiner som kan redusere problemet med resistente bakterier.

Tilpasser antibiotika

I studien ble gendata fra pneumokokk- og streptokokk-bakterier analysert med den nye statistikk-modellen som forskergruppen har utviklet. Modellen kan avsløre begrensninger i alle mutasjonene i en gitt bakteries gener slik det skjer naturlig i bakteriene.

Metoden har allerede oppdaget en hel rekke tidligere ukjente mutasjoner hos disse bakteriene.

Ved å kombinere denne informasjonen med kunnskap fra molekylærmedisin kan forskerne nå finne frem til et antibiotikum som spesifikt angriper disse bakteriene. De håper at de kan utnytte disse mutasjonene til å ødelegge evnen til å reprodusere seg selv.

Siden disse mutasjonene er spesifikke for akkurat de pneumokokk- eller streptokokk-bakteriene som er studert så vil kun disse bli rammet av medisinen som utvikles med denne metoden. Et nytt antibiotikum basert på denne teknologien vil dermed ikke ramme andre bakterier slik mange antibiotika gjør i dag.

Gjennombruddet fra Oslo Centre for Biostatistics and Epidemiology (OCBE) har skjedd i samarbeid med Sanger-instituttet i England, og er publisert i tidsskriftet PLOS Genetics.

Referanser:

Skwark, M.J. m.fl: Interacting networks of resistance, virulence and core machinery genes identified by genome-wide epistasis analysis. PLOS Genetics (2017) http://dx.doi.org/10.1371/journal.pgen.1006508

Lees, J.A. m.fl: Sequence element enrichment analysis to determine the genetic basis of bacterial phenotypes. Nature (2016) DOI: 10.1038/ncomms12797

forskning.no ønsker en åpen og saklig debatt. Vi forbeholder oss retten til å fjerne innlegg. Du må bruke ditt fulle navn. Vis regler

Regler for leserkommentarer på forskning.no:

  1. Diskuter sak, ikke person. Det er ikke tillatt å trakassere navngitte personer eller andre debattanter.
  2. Rasistiske og andre diskriminerende innlegg vil bli fjernet.
  3. Vi anbefaler at du skriver kort.
  4. forskning.no har redaktøraransvar for alt som publiseres, men den enkelte kommentator er også personlig ansvarlig for innholdet i innlegget.
  5. Publisering av opphavsrettsbeskyttet materiale er ikke tillatt. Du kan sitere korte utdrag av andre tekster eller artikler, men husk kildehenvisning.
  6. Alle innlegg blir kontrollert etter at de er lagt inn.
  7. Du kan selv melde inn innlegg som du mener er upassende.
  8. Du må bruke fullt navn. Anonyme innlegg vil bli slettet.

Saker fra våre eiere

Høgskolen i Oslo og Akershus
Podcast:

Hvordan kan du forberede deg til framtidas arbeidsliv? I denne podcasten gir to eksperter sine råd til både kommende og eksisterende arbeidstakere. 

Universitetet i Oslo

Rørsangere på Malta har kjapt tilpasset seg et varmere klima og får flere unger. Dette er viktig for bevaring av naturområder også i Norge, sier Miljødirektoratet.

Nasjonalforeningen for folkehelsen

Tidligere har det vært vanskelig å vite hvem som er i faresonen for akutt hjerteinfarkt. Nå kan blodprøver gi svaret på kort tid. 

Saker fra våre eiere

Høgskolen i Oslo og Akershus

Er 0,999… med uendelig mange desimaler mindre enn 1 eller lik 1? Både folk flest og lærerstudenter svarer typisk det samme.

Universitetet i Oslo

Behandlingen er direkte rettet mot å redusere selvskading og selvmordstanker. Og den gir gode resultater.

Universitetet i Oslo

For noen barn er det ekstra krevende med rop og skrik i skolegården, bøker som smelles igjen og stolbein som skraper mot gulvet.

Forskeren forteller:

Når ungdom presses til å drive med idrett, og voksne bestemmer hvordan de skal gjør det, da blir idrettsungdom lei. Men du kan unngå at barna dine mistrives, blir stresset og presterer dårlig på sikt.

Dinosaurenes historie må skrives om, sier britiske forskere etter en ny enorm analyse. Det vil uten tvil ryste fagfolk verden over, men hvis forskerne har rett, løser de flere uløste gåter.

Det europeiske forskningsrådet (ERC) støtter forskere ved Universitetet i Oslo med store summer i håp om å finne medisiner mot multiresistente bakterier. 

De regionale helseforetakene skal studere effekten av stamcellebehandling ved multippel sklerose. Forskningen inngår i regjeringens nye hjernehelsestrategi.