I hele den industrialiserte verden satses det nå milliarder på forskning og utvikling innenfor bioinformatikk. Det er et stort, udekket behov for folk med utdanning. I Norge er det etter hvert opprettet hovedfagsutdanning i bioinformatikk ved flere læresteder, bl.a. universitetene i Bergen og Oslo. Faget er utpreget tverrfaglig, og interessant både innen grunnforskning, anvendt forskning og for den kunnskapsbaserte industrien.

De store genomprosjektene er den viktigste drivkraften for den lynraske utviklingen innenfor bioinformatikken. Store mengder informasjon om DNA-sekvenser og proteiner er lagret i forskjellige offentlige databaser, og mengden fordobler seg årlig. Behovet for databaseteknologi, kompliserte algoritmer som løser bioteknologiske problemer og den økende betydningen av Internett for forskere verden over, gjør at bioinformatikken vil bli stadig viktigere fremover. Den rivende utviklingen skaper nye økonomiske muligheter for mange selskaper.

Frisk satsning på bioinformatikk i Trondheim

Det nystartede selskapet Interagons teknologi kan hjelpe både molekylærbiologer i deres grunnleggende forskning og legemiddelfirmaer i deres utvikling av nye medisiner.

Planen er å utvikle produkter og tjenester innenfor mønstergjenkjenning. I nært samarbeid med biologieksperter skal informatikere utvikle nye løsninger for automatisk analyse og klassifikasjon av biologiske data.

- Fortsatt er det biologene som sitter på de nødvendige biologikunnskapene, og som må levere problemstillingene til bioinformatikerne, sier professor Hans Krokan ved Institutt for kreftforskning og molekylærbiologi ved NTNU. Han utgjør en del av Interagons biologteam.

-Vår hovedrolle er å bidra med viktige biologiske, medisinske eller bioteknologiske problemstillinger og å kommunisere disse best mulig til informatikerne, slik at de kan arbeide med egnede løsninger, forklarer Krokan.

-Det hele startet på NTNU som basisteknologi. Interagon er basert på utvikling av en spesialprosessor for mønstergjenkjenning, forteller firmaets administrerende direktør, Olaf Birkeland.

- Teknologien ble videreutviklet og utprøvd i firmaet FAST, og nå er vi «tilbake» på NTNU i form av en knoppskytingsbedrift. Lokaliseringen på MTS gir optimale muligheter for tverrfaglig samarbeid, sier han fornøyd.

Store mengder data

Birkeland har vært med på utviklingen av nye løsninger for automatisk analyse og klassifisering av biologiske data.

- Tilgangen på slike data overgår for lengst dagens analysemuligheter, forteller han.

- Det er rett og slett begrenset tilgang på menneskelige ressurser. Vår spesialkonstruerte prosessor er lagd for søk, og kun for søk. Med et design tilpasset høy integrasjon kan vi putte rundt 100 brikker inn i en vanlig PC. Hver brikke har 1024 prosessorer.

Totalt gir en slik løsning en datakraft som tilsvarer 2500 vanlige PC-er. Det som i praksis skjer, er sammenlikning av mønstre med referansedata. Tester viser at denne lille saken vår er bedre enn det meste som finnes publisert i dag. Dermed kan vi bygge på en kombinasjon av menneskelig intelligens og maskinens hurtighet, sier han.

Et løft for bioinformatikken

- Det er viktig å kunne kommunisere jevnlig og mye fordi både problemstillinger, ideer og løsninger må bearbeides over tid, sier Krokan. Databasene er tilgjengelige på Internett, og disse finner informatikerne selv, men vi kjenner jo mye til databasene og vet noe om hvilke som er egnet for ulike formål, forklarer han videre. Vi kan også bl.a. hjelpe informatikerne med å identifisere publikasjoner der vi tror deres analysemetode kan være bedre egnet enn den som ble brukt i publikasjonen.

- Trondheim har et av Skandinavias beste informatikkmiljøer, mener Krokan. Han er opptatt av tilveksten innenfor bioinformatikk - at det allerede er mangel på kandidater til både forskning og næringsliv. Der har han finansmannen Erik Must på sin side, for er det opp til ham, er det ikke lenge før også NTNU har en egen enhet for bioinformatikk.

Must er overbevist om at bioinformatikken vil bli uhyre viktig fremover, og vil gå i bresjen for å utvikle et slagkraftig bioinformatikkmiljø i hjembyen Trondheim. Han har også en finger med i spillet når det gjelder opprettelsen av Interagon:

- Som tilrettelegger fryder jeg meg over en vellykket etablering, smiler han med takknemlig henvisning til en rekke medspillere.

-Nå må vi snarest få et overordnet bioinformatikksenter, sier han videre, og lover midler fra «Svanhild og Arne Musts fond for medisinsk forskning» til et professorat i tre og et halvt år dersom NTNU etablerer en bioinformatikkenhet.

- Vi har alle forutsetninger for å utvikle et internasjonalt konkurransedyktig miljø. Mengden tilgjengelige biologiske data vokser eksponentielt. Det gjelder bare å komme i gang!